WSR040-PCR, Sequenzierung und NGS: Aufklärung der DNA - Interview mit Dr. Jörn Glökler

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Bernd hat sich mit seinem Gesprächspartner, Dr. Jörn Glökler, remote zusammengesetzt, da es in der derzeitigen Pandemie nicht anders möglich ist. Sie haben über PCR und Sequenzierung gesprochen. Jörn ist Senior Scientist an der Technischen Hochschule Wildau, und auch Mitarbeiter bzw. Berater bei einigen Biotech Unternehmen.

Dr. Jörn Glökler

Seit Anfang 2020 verbreitet sich auch in Deutschland die SARS-CoV-2 Pandemie. Dabei sind PCR-Tests wichtige Werkzeuge, um Patienten mit COVID-19 zu identifizieren. Über Sequenzing oder Sequenzierung spricht man in diesem Zusammenhang dann, wenn nach einem positiven Test auch die Variante des Virus bestimmt wird. Diese Verfahren sind nicht nur für Arbeiten in der aktuellen Pandemie wichtig, sondern gelten mittlerweile als Standard-Werkzeuge in Diagnostik und Forensik.

Wie diese Techniken genau funktionieren, woher sie kommen, wo diese noch angewendet werden und woran Wissenschaftler aktuell bei der Weiterentwicklung dieser Techniken arbeiten, lässt sich Bernd von Jörn in dieser Episode erklären.

Was bedeutet PCR?

Primer Definition

Polymerasetypen

Die drei Schritte der technischen PCR

Ein PCR-Versuch hat drei Phasen:

    1. Primerbindung
    2. Kopiereaktion: Gegenstrang der DNA-Sequenz wird gebildet.
    3. Denaturierung: Doppelstrang wird aufgeteilt

Taq-Polymerase

Was heißt überexprimiert?

Automatisierung der PCR

Wo kommen die Primer für den Test her?

Wenn die gewünschte Sequenz bekannt ist, können die Primer über Sythesedienstleister bestellt werden.

Wie funktioniert die Sequenzierung?

Wie kommt man an die Sequenz des Primers?

Elektrophorese

PCR-Test vs Sequenzierung

Weiterentwicklung mit TaqMan-Sonden

Stärken und Schwächen der PCR-Tests

PCR mit RNA

PCR als Standard in der Diagnostik

Weitere typische Anwendungsgebiete der PCR

NGS

Ablauf einer Virussequenzierung

Isothermale PCR

Jörns Werdegang

Weitere Tätigkeiten von Jörn

Jörns Lieblingsmolekül

TCRComplex
Schematische Darstellung des T-Zell-Rezeptors. No machine-readable author provided. Anriar~commonswiki assumed (based on copyright claims)., CC BY-SA 3.0, via Wikimedia Commons


Wir bedanken uns ganz herzlich bei Dr. Jörn Glökler für die Zeit und seine Erläuterungen und Ausführungen zu seinem Forschungsgebiet.

Wir freuen uns immer über Feedback: per Mail unter info@wirkstoffradio.de, in den Kommentaren unter den einzelnen Episoden, über Twitter @wirkstoffradio oder auch als Bewertung bei iTunes/Apple-Podcasts oder panoptikum.io.

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Kapitel

1. Begrüßung (00:00:00)

2. Was bedeutet PCR? (00:01:51)

3. Primer Definition (00:10:08)

4. Polymerasetypen (00:11:51)

5. Die drei Schritte der technischen PCR (00:13:11)

6. Taq-Polymerase (00:17:22)

7. Was heißt überexprimiert? (00:20:16)

8. Automatisierung der PCR (00:21:02)

9. Wo kommen die Primer für den Test her? (00:23:59)

10. Wie funktioniert die Sequenzierung? (00:25:43)

11. Wie kommt man an die Sequenz des Primers? (00:28:32)

12. Elektrophorese (00:32:20)

13. PCR-Test vs Sequenzierung (00:37:50)

14. Weiterentwicklung mit TaqMan-Sonden (00:44:47)

15. Stärken und Schwächen der PCR-Tests (00:49:49)

16. PCR mit RNA (00:54:58)

17. PCR als Standard in der Diagnostik (01:00:48)

18. Weitere typische Anwendungsgebiete der PCR (01:03:04)

19. NGS (01:06:26)

20. Ablauf einer Virussequenzierung (01:23:00)

21. Isothermale PCR (01:26:28)

22. Jörns Werdegang (01:31:49)

23. Weitere Tätigkeiten von Jörn (01:36:43)

24. Jörns Lieblingsmolekül (01:52:49)

25. Verabschiedung und Bitte um Feedback (01:57:33)

44 Episoden