Artwork

Inhalt bereitgestellt von Roman Cheplyaka. Alle Podcast-Inhalte, einschließlich Episoden, Grafiken und Podcast-Beschreibungen, werden direkt von Roman Cheplyaka oder seinem Podcast-Plattformpartner hochgeladen und bereitgestellt. Wenn Sie glauben, dass jemand Ihr urheberrechtlich geschütztes Werk ohne Ihre Erlaubnis nutzt, können Sie dem hier beschriebenen Verfahren folgen https://de.player.fm/legal.
Player FM - Podcast-App
Gehen Sie mit der App Player FM offline!

#70 Prioritizing drug target genes with Marie Sadler

52:20
 
Teilen
 

Manage episode 390813219 series 1537951
Inhalt bereitgestellt von Roman Cheplyaka. Alle Podcast-Inhalte, einschließlich Episoden, Grafiken und Podcast-Beschreibungen, werden direkt von Roman Cheplyaka oder seinem Podcast-Plattformpartner hochgeladen und bereitgestellt. Wenn Sie glauben, dass jemand Ihr urheberrechtlich geschütztes Werk ohne Ihre Erlaubnis nutzt, können Sie dem hier beschriebenen Verfahren folgen https://de.player.fm/legal.

In this episode, Marie Sadler talks about her recent Cell Genomics paper, Multi-layered genetic approaches to identify approved drug targets.

Previous studies have found that the drugs that target a gene linked to the disease are more likely to be approved. Yet there are many ways to define what it means for a gene to be linked to the disease. Perhaps the most straightforward approach is to rely on the genome-wide association studies (GWAS) data, but that data can also be integrated with quantitative trait loci (eQTL or pQTL) information to establish less obvious links between genetic variants (which often lie outside of genes) and genes. Finally, there’s exome sequencing, which, unlike GWAS, captures rare genetic variants. So in this paper, Marie and her colleagues set out to benchmark these different methods against one another.

Listen to the episode to find out how these methods work, which ones work better, and how network propagation can improve the prediction accuracy.

Links:

Thank you to Jake Yeung, Michael Weinstein, and other Patreon members for supporting this episode.

  continue reading

70 Episoden

Artwork
iconTeilen
 
Manage episode 390813219 series 1537951
Inhalt bereitgestellt von Roman Cheplyaka. Alle Podcast-Inhalte, einschließlich Episoden, Grafiken und Podcast-Beschreibungen, werden direkt von Roman Cheplyaka oder seinem Podcast-Plattformpartner hochgeladen und bereitgestellt. Wenn Sie glauben, dass jemand Ihr urheberrechtlich geschütztes Werk ohne Ihre Erlaubnis nutzt, können Sie dem hier beschriebenen Verfahren folgen https://de.player.fm/legal.

In this episode, Marie Sadler talks about her recent Cell Genomics paper, Multi-layered genetic approaches to identify approved drug targets.

Previous studies have found that the drugs that target a gene linked to the disease are more likely to be approved. Yet there are many ways to define what it means for a gene to be linked to the disease. Perhaps the most straightforward approach is to rely on the genome-wide association studies (GWAS) data, but that data can also be integrated with quantitative trait loci (eQTL or pQTL) information to establish less obvious links between genetic variants (which often lie outside of genes) and genes. Finally, there’s exome sequencing, which, unlike GWAS, captures rare genetic variants. So in this paper, Marie and her colleagues set out to benchmark these different methods against one another.

Listen to the episode to find out how these methods work, which ones work better, and how network propagation can improve the prediction accuracy.

Links:

Thank you to Jake Yeung, Michael Weinstein, and other Patreon members for supporting this episode.

  continue reading

70 Episoden

Todos los episodios

×
 
Loading …

Willkommen auf Player FM!

Player FM scannt gerade das Web nach Podcasts mit hoher Qualität, die du genießen kannst. Es ist die beste Podcast-App und funktioniert auf Android, iPhone und im Web. Melde dich an, um Abos geräteübergreifend zu synchronisieren.

 

Kurzanleitung