WSR012-Scientists4Future, Ordnungsebenen von Proteinen und Synchrotronstrahlung

Wirkstoffradio (MP3 Feed)

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Bernd und André sitzen wieder zusammen bei Bernd im Wohnzimmer, um über Dinge zu sprechen, die ihnen in den letzten Folgen aufgefallen sind und ausführlicher besprochen werden müssen und um über alles zu quatschen, was ihnen sonst noch aufgefallen ist.

In der Folge WSR010 Grenzwerte, Leitwerte und Studien am Beispiel Stickoxide und Feinstaub hatten wir mit Prof. Jan Hengstler vom IfADo gesprochen, und dort hat er angedeutet, dass bzgl. der Grenzwerte zur Zeit auch noch Studien laufen. Wissenschaftler*innen des Max-Planck-Institut für Chemie haben am 12. März 2019 einen Artikel dazu veröffentlicht, in dem sie zu dem Schluss kommen, dass die Lebenserwartung in Europa durch Luftschadstoffe wie Stickoxide und Feinstaub rund zwei Jahre geringer ist. Hier die Links:

Pressemitteilung: Luftverschmutzung verkürzt das Leben der Europäer um rund zwei Jahre

wissenschaftlicher Artikel (open access): Jos Lelieveld et al.; Cardiovascular disease burden from ambient air pollution in Europe reassessed using novel hazard ratio functions, European Heart Journal, ehz135

Fridays4Future und Scientists4Future

Brend und André sprechen über die Schüler*innen Proteste, die seit einiger Zeit jeden Freitag statt finden. Dazu gibt es jetzt auch die Initiative Scientist4Future, bei der mittlerweile mehr als 24000 Wissenschaftler*innen aus Deutschland, Österreich und der Schweiz die Schüler*innen von Fridays4Future unterstützen. Auch Bernd und André haben die Stellungnahme der Scientists4Future unterzeichnet.

• • Stellungnahme auf Scientists4Future.org

Protein-Struktur

Die letzte Folge WSR011 Proteinstrukturen aufklären mit der Röntgenkristallographie mit Dr. Yvette Roske vom Max-Dellbrück-Centrum für molekulare Medizin (MDC) in Berlin-Buch, drehte sich auch um die verschiedenen Organisations- oder Ordnungsebenen der Proteinstruktur. Bernd ist es ein Anliegen, dazu nochmal einen gesammelten Überblick zu geben. Links dazu:

• • Proteinstruktur, Wikipedia-Artikel
  • Aminosäuresequenz, Wikipedia-Artikel
  • Peptidbindung, Wikipedia-Artikel

Peptidbindung

• • Sekundärstruktur, Wikipedia-Artikel
  • Tertiärstruktur, Wikipedia-Artikel
  • Quartärstruktur, Wikipedia-Artikel
  • α-Helix, Wikipedia-Artikel
  • β-Faltblatt, Wikipedia-Artikel
  • random coil, Wikipedia-Artikel

Schema der α-Helix

Schema des β-Faltblatt

Bernd spricht einige besondere Strukturen an – hier die β-Faltblattstruktur des OmpG!

[jsmol pdb=’2wvp‘]

Hinweis von André: Zur Proteinfaltung lohnt es sich in die erste Folge von „mal ganz grundsätzlich“ reinzuhören, in der es zu großen Teilen um die Proteinfaltung und Chaperone geht: mgg001: Proteine mit Dr. Janine Kirstein. Dazu gibt es sogar ein Video, das weiter unten in diesen Sendungsnotizen eingebettet ist.

Sekundärstruktur-Vorhersage

Bernd erzählt, wie die Anfänge der Sekundärstruktur-Vorhersage waren und wie sich diese weiter entwickelt hat. Dazu gibt es auch eine Reihe von Links zu Stichworten wie im Gespräch erwähnt werden:

• • Linus Pauling, Wikipedia-Artikel
  • G. N. Ramachandran, Wikipedia-Artikel
  • Backbone (Biochemie), Wikipedia-Artikel
  • Torsionswinkel, Wikipedia-Artikel

Ein Ramachandran-Plot vom menschlichen DNA clamp PCNA, PDB ID 1AXC. (Bild: CC BY-SA 3.0 Opabinia regalis)

Der wissenschaftliche Artikel zum Ramachandran-Plot befindet sich leider hinter einer Paywall, ist also nur für diejenigen zugänglich, die ein Abo der entsprechenden Fachzeitschrift haben. Daher werden wir nicht direkt auf den Artikel verlinken, sondern stellen euch den „Digital Object Identifier (DOI)“ zur Verfügung:
10.1016/S0065-3233(08)60402-7

Röntgenstrahlung und Synchrotronstrahlung

Da André Physiker ist, hat er sich mal in die Thematik der Röntgen- und Synchrotronstrahlung von der physikalischen Seite her eingearbeitet und eine detaillierte Erklärung zur Strahlungsentstehung mitgebracht. Dazu gibt es auch ein paar Links und Bilder:

• • BESSY Homepage, mit einigen Bildern der Anlage
  • BESSY, Wikipedia-Artikel
  • Röntgenstrahlung, Wikipedia-Artikel
  • Röntgenröhre, Wikipedia-Artikel
  • charakteristische Röntgenstrahlung, Wikipedia-Artikel
  • Bremsstrahlung, Wikipedia-Artikel
  • Synchrotronstrahlung, Wikipedia-Artikel
  • Elektrodynamik und Relativitätstheorie, Wikipedia-Artikel-Abschnitt
  • Doppler-Effekt, Wikipedia-Artikel
  • Relativistisches Beaming, Wikipedia-Artikel
  • Speicherring, Wikipedia-Artikel
  • Undulator, Wikipedia-Artikel

Schematische Darstellung eines Undulators (Bild: CC BY-SA 3.0 Autor: Bastian Holst)

Die folgenden Links sind uns vom Helmholz-Zentrum Berlin, die das BESSY betreiben, zur Verfügung gestellt worden. Die haben auch einen eigenen Twitterkanal unter HZB@BESSY.

• • 360° Ansicht im BESSY (links unten, „360° Ansicht starten“)
  • BESSY II am HZB – Ein Blick in den Maschinenraum der Forschung, YouTube-Video
  • Energieforschung am Helmholz-Zentrum Berlin, YouTube-Video

Das Wirkstoffradio gratuliert!

Der Gesprächspartner aus Folge WSR003 vom Naturstoff zum Wirkstoff, Prof. Ludger Wessjohann, wurde in den Sachverständigenrat für Wissenschaft, Technologie und Innovation der Republik Kolumbien berufen. Wir gratulieren ganz herzlich zu dieser Berufung, Ludger!

Pressemitteilung: Chemiker des IPB berät kolumbianische Regierung in Wissenschaftsfragen

Das Video von mgg:Proteine ist online

Bereits oben erwähnt: André treibt Podcast-technisch noch andere Dinge. Er hat sich das Format „mal ganz grundsätzlich“ ausgedacht, oder kurz: mgg. Das ist ein Podcast, aber auch immer eine live-show und ein Gespräch, das auch immer von einem live-Zeichner begleitet wird. Die erste Folge zum Thema Protein hatten wir hier schon angekündigt, hier nochmal der Link: mgg001: Proteine mit Dr. Janine Kirstein. Jetzt ist endlich auch das passende Video raus, mit der live-Zeichung von Roland Brückner. André würde sich sehr über Feedback, Kommentare und weiterleiten des Videos freuen

<span style="display: inline-block; width: 0px; overflow: hidden; line-height: 0;" data-mce-type="bookmark" class="mce_SELRES_start"></span>

Direkter Link zum Video: https://youtu.be/RonLE07LiWY

Termine

Bernd und André werden am 1. & 2. April auf den Wirkstofftagen 2019 im Hygienemuseum in Dresden sein und auch einen kleinen Vortrag über das Wirkstoffradio halten.

Wir freuen uns immer über Feedback: per Mail unter [e-mail], in den Kommentaren unter den einzelnen Episoden, über Twitter @wirkstoffradio oder auch als Bewertung bei iTunes oder panoptikum.social.

• André Lampe
  • Twitter
  • [e-mail]
  • ORCiD
  • Blog: die kleinen Dinge
  • Plötzlich Wissen!
  • Twitch
  • YouTube (User)
• Bernd Rupp
  • Twitter
  • ORCiD
  • Database of Available Chemical Substances
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  • Mastodon
  • ResearchGate
  • [e-mail]
  • Mitglied der Gruppe Structural Chemistry and Computational Biophysics
  • Linkedin
  • Xing
  • [e-mail]
  • Auphonic Spenden

Wirkstoffradio ist lizenziert unter einer Creative Commons Namensnennung - Keine Bearbeitungen 4.0 International Lizenz.

Kapitel

1. Begrüßung (00:00:00)

2. Neues zu Grenzwerten: Studie vom Max-Planck-Inst. für Chemie (00:00:46)

3. Friday4Future und Scientist4Future (00:07:03)

4. Proteinkristalle und die Sendung mit Yvette Roske (00:16:07)

5. Aufbau der Proteinstruktur (00:17:24)

6. Primärstuktur von Proteinen (00:17:44)

7. Peptidbindung (00:18:49)

8. Sekundärstruktur von Proteinen (00:20:11)

9. Betafaltblatt-Sekundärstruktur (00:24:25)

10. Weitere Sekundärstrukturen (00:27:00)

11. Tertiärstruktur von Proteinen (00:27:59)

12. Quartärstruktur von Proteinen (00:28:50)

13. Sekundärstruktur-Vorhersage (00:30:28)

14. Bernds Umgang mit Kristallographie-Daten (00:37:36)

15. André hat Röntgenstrahlung mitgebracht (00:41:08)

16. Charakteristische Röntgenstrahlung (00:44:40)

17. Synchrotronstrahlung und die Physik dahinter (00:48:23)

18. Relativitätstheorie und die Synchrotronstrahlung (00:50:43)

19. Undulatoren für besonders starke Synchrotronstrahlung (00:57:41)

20. Gratulation an Prof. Wessjohann (01:02:39)

21. mgg: Protein Video der live-Zeichnung ist online (01:03:45)

22. Wirkstofftage 2019 in Dresden (01:05:26)

23. Bitte um Feedback und Verabschiedung (01:06:05)